Σαν σήμερα, στις 28 Μαρτίου 2009, πραγματοποιήθηκε η ενθρόνιση του Σεβασμιωτάτου Μητροπολίτη Κω και Νισύρου κ. Ναθαναήλ στον Ιερό Μητροπολιτικό Ναό Αγίου Νικολάου στην πόλη της Κω.
Στην τελετή παρευρέθηκε πλήθος κόσμου, κληρικών και λαϊκών, ενώ την Εκκλησία της Κωνσταντινουπόλεως εκπροσώπησε ο Μητροπολίτης Καρπάθου και Κάσου κ. Αμβρόσιος, ο οποίος αποτελεί και πνευματικό πατέρα του Μητροπολίτη Ναθαναήλ.
Λίγες μέρες αργότερα, στις 2 Απριλίου 2009, ακολούθησε η ενθρόνισή του και στη Νίσυρο, ολοκληρώνοντας έτσι τη διπλή ποιμαντική του ευθύνη στα δύο νησιά.
Δεκαέξι χρόνια μετά, η παρουσία και η προσφορά του κ. Ναθαναήλ στην τοπική Εκκλησία και κοινωνία παραμένουν έντονα αισθητές.